Canlının işleyişini hep hücresel boyutta düşünmüşüzdür. Ancak bir canlının hayatını nasıl sürdürdüğünü öğrenmek istiyorsak hücre altı elemanları moleküler seviyede incelememiz gerekir. incelememize başladığımızda ilk ilgimizi çeken eleman mitokondri olmalıdır, çünkü canlının metobolik olayların devamlılığı için enerjiye ihtiyacı vardır. Enerjiyi üreten bir eleman da mitokondri, kloroplast ve mezofildir. Bunların hepsinin benzer ama farklı mekanizmaları vardır. Bizim sadece mitokondri üzerinden konuşmamız yeterli olacaktır. Mitokondri, çift zardan oluşan ve diğer organellerin aksine kendi kalıtım materyali olan bir organeldir. Dış zar geçirgendir, iç zar yüksüz ve iyon halindeki molekül ve atımları geçirmez. iki zarın arasında atp, adp, amp, p, fad, nad, nadp, coa, K, Mg ,Ca bulunur.
iç membran yüksek seçici geçirgendir. Üzerinde özel taşıyıcılar ile molekülleri taşır. Üzerinde ETS elemanları ve ATP sentezleyen enzimler vardır.

Glukolizden prüvatlarımız matrikse geldi ve burada Coa ile etkileşime girerek asetil CoA oluşturuldu ve bu molekül tca ya girdi sonrasında oluşan e taşıyıcıları matrikste dolaşmaya başladı.

Bu e taşıyıcıları ets elemanları ile tutulup e ler oksijene kadar taşındı bu sırada hidrojen iyonları intermembran boşluğa bırakıldı. Bunun sonucunda menbranlar arasında potansiyel fark oluştu ve matriks ile intermembran arasında bir proton gradienti meydaba geldi. Protonlar f0f1 kompleksi ile matrikse dönerken atp sentezlendi .

Buradaki çıkarımımız canlının enerjisinin nasıl oluştuğudur. Mitokondride enerji üretilmesi kendiliğinden olduğudur. Şimdilik fazla ayrıntıya girmedim, proton taşıyan elemanlar mitokondriyal dna ile konuşacağız.