Xenian'ların Combine'a boyun eğmelerinin üzerinden 5 yıl geçtiğinde ve 2000 yılına geldiğimizde ise, insan ırkının çöküşüne neden olan olay gerçekleşti. Combine'ın Dünya'mızı farketmesine neden olan "Ses Çağlayanı" olayı. Çağlayan'a, Black Mesa'nın Yöneticisi Wallace Breen'in seçtiği bazı örnekler neden oldu. Yine de bu Çağlayan'ın başlamasına Breen'in bilinçli ya da bilinçsiz neden olduğu bir muamma olarak kaldı.

Gordon Freeman ise, M.I.T.'teki doktorasını bitererek, Dr. Isaac Kleiner'ın da katkısıyla Black Mesa'daki görevine başladı ve önemli bir teleportasyon deneyinde görev aldı.