11 Eylül’le ilgili resmi teze aykırı teorilerin temelinde resmi tezden tatmin olunmaması yatmaktadır. Fakat bunların hepsini aynı kategoride değerlendirmek mümkün değildir. Sözkonusu komplo teorilerini üç grupta değerlendirebiliriz.

ABD Yönetimi ve Pentagon’da görevli veya ilişkili bazı kişilerin bu saldırıları organize ettiğini öne süren teoriler
ABD Yönetimi ve Pentagon’da görevli veya ilişkili bazı kişilerin bu saldırıları bilmesine rağmen, kendi amaçları için olmasına izin verdiklerine dair teoriler ABD Yönetiminin saldırılara ilişkin ön sinyalleri değerlendirmekte aciz ve başarısız kaldığı ama bu hatasını örtbas etmeye çalıştığına dair teoriler
Tüm teorilerin ortak noktası, genelde kamuya açık olan ama resmi tezde değerlendirilmeyen, farklı değerlendirilen ya da yalanlanan bazı bilgileri kullanarak, bir anlamda, “noktaları birleştir” yöntemiyle genel fotoğrafı ortaya çıkarmak şeklinde değerlendirilebilir. Bunun yanında, olay sonrası yaşanan gelişmeler de olayların arkasındaki motivasyona ilişkin yorumları da beraberinde getirmektedir.