Spahić futbolcu kariyerini ilk NK Zagreb Futbol takımında başladı. Emir Spahić 6 Eylül 2003 tarihinde ilk millî maçına çıktı.2004 senesinin başında Rusya Premier Ligi takımı FC Shinnik Yaroslavl geçişine kadar. 2005 senesinde Torpedo Moskova takımına geçti ve 2006 senesinin başında Lokomotiv Moskova takımına geçti. Lokomotiv Moskova'da 2012'ye kadar top koşturdu.

24 Haziran 2009'da Fransız ekibi Montpellier Hérault SC'e transfer olarak 2 yıl burada oynadı.

1 Temmuz 2012'de Sevilla'ya transfer oldu.2012-2013 sezonunun devre arasında Anzhi Makhachkala'ya kiralık olarak gönderildi.

2013-14 sezonu öncesinde Bayer Leverkusen'e transfer oldu.