Kuran ikinci kez derleniyor:

Buhari'de yer alan bir hadis şöyle: Ermeniyye ve Azerbaycan'ı ele geçirmek için savaşılıyordu. Huzeyfe, Ibnu'l-Yeman, Halife Osman'a geldi. Müslümanların okudukları Kuran'lardaki birbirini tutmazlıktan yakındı, "Emire'l-Mü'minin! Bu ümmet, kendisinden önceki Yahudiler ve Hıristiyanların içine düştükleri birbirini tutmazlılıklar gibi bir duruma düştü!" Bunun üzerine Osman, Hafsa'ya adam gönderdi, başka Kuran nüshaları yazıp almak için kendisinde bulunan sayfaları (yani Ebubekir döneminde yazılan kitabı) göndermesini istedi. "iş bitince sana geri gönderirim" dedi. Hafsa da gönderdi o sayfaları Osman'a. Osman, hemen Zeyd ibn Sabit'e, Abdullah ibn Züyebr'e, Sa'd Ibnu'l-As'a ve Hişam oglu Haris oğlu Abdurrahman'a buyruğunu verdi. Onlar da Hafsa'dan getirilenden alıp Kuran nüshalarını oluşturdular. Osman, kuruldaki üç kişiye şunları söyledi:

"(Medine'li) olan Zeyd ile, Kuran'dan herhangi bir kesimde ters düştüğünüz zaman, tartışma konusu olan parçayı Kureyş dili ile yazın. Çünkü Kuran sadece Kureyş dili ile inmiştir."

Onlar da bu buyruğu yerine getirdiler. Sonunda (esas) sayfalardan Kuran nüshaları oluşturup işi bitince, Osman, söz konusu sayfaları (Hafsa'dan getirilenler) geri gönderdi. Alınan nüshaların da her bir kesime gönderilmesini buyurdu. Ve bunların dışında kalan her bir Kuran sayfasını ya da Mushafı buyurup yaktırdı.(Bkz. Buhari, e's- Sahih, Kitabu Fedaili'l-Kuran/3.) Buhari'nin kendisine anlatılan çabalardan ve "Kureyşli olanlarla olmayanlar arasında" belirecek anlaşmazlığın çözüm biçiminden anlaşıldığına göre, Kuran nüshalarını ortaya çıkarırken, Hafsa'daki Mushaf'tan aynen kopya etmek söz konusu değildi.

"Aynen kopya edildiği" ileri sürülürken, neden kopya edildiğine de "ağız (şive) farklarından dolayı" diye gerekçe gösterilir. Ancak, Dr. Suphi e's-Salih, Mebahis Fi Ulumi'l-Kuran (Beyrut 1979) adlı eserinin 80. 84. 85. sayfalarında bu gerekçenin inandırıcı olmadığını belirtiyor. Dr. Suphi'ye göre, o zaman aynı metni, aynı sözcükleri değişik okunacak nitelikte yazıp yansıtabilmek için gerekli işaret ve noktalama yoktu. O zamanki yazı harflerinin dışında işaretsiz harfler de noktasızdı. Kısacası, halife Ebubekir döneminde oluşturulan mushaf, istenseydi bile, çeşitli kabile ağızlarını (şiveleri) içerir nitelikte yazılır olamazdı. Durum böyle olunca, şu sorular karşılıksız kalıyor: Ebubekir döneminde hazırlanan ve Hafsa'dan alıp getirilen mushaf ile Osman döneminde meydana getirilen "nüshalar, mushaflar" arasındaki fark neydi? Yeni çalışma ile gerçekleştirilen nedir? Yukarıda anlamı sunulan hadiste bu açıklanmamakta. Ancak, hadisin devamı niteliğindeki bir açıklamada, yapılan işin sadece "bir temel nüshadan alınıp, başka mushaflara aktarma" olmadığını anlatır niteliktedir.

islamiyet'in ilk yıllarında Arapça yazıda şimdiki gibi birtakım işaret ve noktalar yoktu.
Dörtlü kurulda yer alan Zeyd ibn Sabit, şöyle diyor: "Mushaf oluşturma işini yaparken, Ahzab Suresinin sonundan bir ayet yitirdim ('fakattu'). Ki, Peygamberin onu Kuran'dan bir parça olarak okuduğunu işitip tanık olmuştum. Aradık bu ayeti. Ve Sabit oğlu Huzeyme el Ensari'de bulduk (Ahzab suresine 23.ayet) ekledik o mushafta." (itkan, Mısır, 1978, C1, s.79.)

Birinci derlemenin yakılmasındaki amaç:
Ölümüne değin sandığında saklayan ve alınıp yakılmasını önleyen Hafsa idi. Bu koruyucu ölünce, Kuran'ın Tanrısı "Kuşkusuz Zikr'ı (Kuran'ı) biz indirdik; kuşkusuz koruyucuları da yine biziz" (Hicr, ayet:9) dese de koruyucusu kalmamıştı. Mervan ibn Hakem, "sandıktan" aldırtıp getirmiş ve yaktırmıştı. Mervan'ın bu ilk derlemeyi yaktırmasındaki gerekçesini, kendisi şöyle açıklıyor:

"Bunu yaptım, çünkü, Onda yazılı olanlar, resmi (imam) Mushaf'a yazılıp geçirilmiş ve korunmuştur. Korktum ki aradan uzun zaman geçtiğinde kuşkucu kimseler bu (resmi) Mushaf hakkında kuşkuya düşerler." (Bkz. Dr. Subhi e's_Salih, Mebahis fi Ulumi'l-Kuran, s.83. Dayandığı kaynak: ibn Ebi Davud, Kitabu'l-Mesahif, s.24.)

Oysa, asıl kuşkulara yol açan, esas alınmış olduğu belirtilen ilk derlemenin yakılması olmuştur. Çünkü, ilk derleme ile, sonraki (Osman döneminde oluşturulan ve imam adı verilen) mushaf arasında fark olmasa idi, ilkini yakma yoluna gidilir miydi? ilk derlemede bulunmayan eklemeler ya da Kuran'dan çıkarmalar yapılmamış olsaydı, neden korkulmuştu?

Kur'an'dan eksilmeler ve Kur'an'a eklemeler olduğunun bir çeşit itirafı

muhafazid Döneminin Kuran'ı ile Bugünkü Kuran Aynı Değil:
Burada çok önemli bir tanıklığa başvuralım: ibn Ömer diyor ki:

"Hiçbiriniz, Kuran'ın tümünü aldım (elimde bulunduruyorum)demesin. Bilemez ki, Kuran'ın çoğu yok olup gitmiştir. 'Ne kadar ortada varsa o kadarını elimde tutuyorum' desin yalnızca." (Bkz. Suyuti, el itkan, 2/32.)

Bu tanıklık, bugün elimizdeki Kuran'la, muhafazid'in vahiy katiplerine yazdırdığı bildirilen Kuran'ın aynı olmadığını çok açık biçimde anlatmıyor mu? Kaldı ki, ibn Ömer, Osman dönemindeki derlemeden sonra bu sözü söylemiştir. Yani, Osman döneminde oluşturulan mushafın da orijinali yok. O el yazması, Dünyanın hiç bir yerinde bulunmuyor... Temel kaynaklarda sözü edilen, ama bugün bulunmayan değişik mushaflar da üzerinde durulmaya değer nitelikte. Suyuti'nin el Itkan'ında, Buhari'nin eserlerinde bazı önemli mushaflardan ve bu mushafların içindeki surelerin listelerinden söz edilir. Örneğin, muhafazid'in en yakınlarından biri bilinen ve peygamberin, Kuran için ezberine başvurulacak dört kişiden biri olarak belirttiği ibn Mesud'un mushafı, yine muhafazid'in danışılması gereken dört kişiden biri olarak söz ettiği Übeyy ibn Ka'b'ın mushafı, Abdullah ibn Abbas'ın mushafı, muhafazid'in karılarından Aişe'nin mushafı, Ali'nin mushafı bunların başlıcaları. Ayrıca bugün Alevi'lerin, Ali'nin mushafı olarak söz ettikleri bir mushaf ve Hindistan'da saklanan ayrı bir mushaf daha var. Suyuti'nin ve Buhari'nin kitaplarında belirtilen mushaflardan hiçbiri günümüze gelememiş. Ancak bunların içerik listeleri yazılmıştır. Ayrıca bazı din kitaplarında, bunlarda bulunduğu söylenen ayet ve surelerden parçalar günümüze kadar gelmiştir. Eldeki resmi nüshadan içerik yönünden farklı oldukları bu listelere bakınca hemen anlaşılıyor. Örneğin, ibn Mesud'un mushafında Fatiha Suresi gibi çok temel bir sure yok. Felak ve Nas sureleri de..Ali'nin surelerinin sırası bugünküne uymuyor. Suyuti, kitabında, Bakara suresinin, Ahzab suresi ile aynı uzunlukta olduğunu aktarıyor. (Bkz. Suyuti, el itkan, 2/32.) Oysa bugün, eldeki resmi Kuran'da, Bakara 286 ayet iken, Ahzab yalnızca 73 ayettir.

Üçüncü halife Osman döneminde bir heyet tarafından yeniden derlenip yazılan Kuran'ların kaç adet olduğu ve şu anda nerede bulundukları tartışmalıdır. Kimilerine göre dört, kimisine göre beş ya da yedi adet yazılmıştır. Dörttür diyenlere göre, Osman bir nüshasını kendisine alıkoymuş, diğerlerini Kufe'ye, Basra'ya ve Şam'a göndermiştir. Mekke'ye, Yemen'e ve Bahreyn'e gönderilenlerden de söz ediliyor. Kimi kitaplardaki bilgilere göre, bu nüshalardan kopya edilip çoğaltılmasına izin verilmiş, kimi kişiler kendileri için "mushaflar" meydana getirmişlerdir. Ancak, o zaman bu mushaflarda bulunduğu söylenen ve örnekler aktarılan bazı Kuran parçalarının resmi Kuran'da bulunmamasına ne demeli? Bazı islam kaynaklarında, Osman döneminde çoğaltılan nüshaların bir kısmının bugün elde olduğu iddia edilir. Örneğin, bir kopyanın Taşkent'te olduğundan söz eden çok sayıda kitap vardır. Yine bazı islami Türk kaynaklarında Topkapı Müzesi'ndeki Kuran'ın da Osman zamanından kaldığı söylenir. Konunun araştırmacılarından Prof. Dr. Suphi e's-Salih kitabında, "Peki, Osman döneminde hazırlanmış resmi nüsha şimdi nerededir?" sorusunu ortaya atar ve doyurucu cevap bulamadığını açıklar. Kahire Kütüphanesi'nde olduğu söylenen nüshanın, Osman döneminden kalmış olamayacağını belirtir. Çünkü bu kitapta bir takım işaret ve noktalar vardır, böyle işaret ve noktaların islamiyet'in ilk yıllarında bulunmadığı belirtilmektedir. Müslümanların kutsal kitabının resmi nüshasının her yerde aynı olduğu doğrudur. Ancak, bugün islam dünyasında bilinen ve elde bulunan Kuran, peygamberin "vahiy katiplerine yazdırdığı" söylenen Kuran'ın aynı değil. Kaynaklar, bunu ortaya koyuyor.